Nel 1929 ottenne l’autorizzazione, dalla Consulta Araldica di Roma, ad aggiungere il cognome de Nilma al proprio, come lo zio Carlo Marco. Nel 1934, all’insaputa della madre, si convertì al cattolicesimo nonostante il suo profondo interesse per il mondo occulto e le pratiche di spiritismo, sicuramente non ben accette dalla Chiesa Cattolica. Morì il 18 dicembre 1943. Mario nel suo testamento, stilato nel 1941, destinò quale erede di tutta la sua sostanza il Comune di Trieste, oltre alle collezioni d’arte, tutto il mobilio e l’arredamento. La rendita della sostanza, che, tra l’azienda agricola di Sant’Andrea di Pasiano, il palazzo Morpurgo, depositi bancari, titoli e obbligazioni, ammontava a 279 milioni, fu destinata a creare un fondo intangibile con il nome Mario Morpurgo de Nilma: la fondazione fu costituita in persona giuridica nel 1947 come Ente Morale con sede in Trieste (via Imbriani 5) e presta tuttora la sua nobile opera.